A Área de Proteção Ambiental de São Francisco Xavier foi criada em 2002, com o propósito de proteger a diversidade biológica, disciplinar o uso e ocupação do solo e recursos hídricos. Em 2016 a APA foi escolhida para o Projeto Conexão Mata Atlântica, o qual passou a receber recursos para implantar serviços ambientais, certificação de processos e produtos, e assistência as cadeias produtivas sustentáveis. A prefeitura de São José dos Campos também auxilia com projetos de recuperação de áreas naturais, saneamento em área rural, entre outras ações.
Na APA de SFX contamos com uma abundante vegetação natural e fauna silvestre, tendo o distrito como representante o muriqui, um dos maiores primatas do Brasil. Com recursos hídricos significativos, inúmeras nascentes formam regatos e riachos que abastecem o rio do Peixe que se incorpora a bacia do rio Jaguari, importante manancial do rio Paraíba do Sul. Outro atrativo natural é a Serra da Mantiqueira que neste trecho está apinhado de montanhas como a Pedra da Onça, do Abismo, do Rochedo, Partida, Redonda, Pico do Selado (2.080 m) e outras.
A APA está numa área de 11.976 hectares, localizado ao norte de São José dos Campos, no distrito de São Francisco Xavier, no limite entre os estados de São Paulo e Minas Gerais e municípios de Joanópolis-SP e Camanducaia-Distrito de Monte Verde-MG.






